《使命召唤16》的剧情主要围绕着主人公亚历克斯和他的团队阻止俄罗斯极端叛乱分子秘密入侵的故事展开。
在游戏中，玩家将会遇到三个关卡的主要故事情节：攻占海域和机动作战地点是为了调查巨大的辐射警告信号的起源和防核装置拦截系统出现异常的背后阴谋；保卫白屋和黑羊牧场等一系列战斗是为了解决当地市民遭暴徒劫持和阻拦现代反抗军队登陆行动的问题；除此之外，最终的拯救黄金工程将是他们竭尽全力消灭危险的第一战的一部分内容，具体来说可能有潜艇伏击作战等内容。
在整个剧情中，玩家们需要掌握更多的情报来揭露幕后黑手的真实目的。
这些故事情节中的行动任务和场景，可能会因游戏版本不同而有所差异。
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